Dans le cadre du projet Seine-Escaut, qui vise à créer une liaison fluviale à grand gabarit entre les bassins de la Seine et de l'Escaut à l'échelle européenne, les cours d'eau sont modifiés et adaptés pour correspondre au bon gabarit. Pour le territoire de la Flandre, cela signifie que la connexion sera essentiellement réalisée via l'axe de la Lys. L'amélioration et/ou l'adaptation du Canal Bossuit-Kortrijk offrira une meilleure connexion pour la navigation entre la Lys et l'Escaut (en plus du Ringvaart à Gand), où le canal fonctionne actuellement, en raison du gabarit limité du canal à Courtrai, comme un quai sur l'Escaut pour la navigation commerciale. Cette connexion entre la Lys et l'Escaut est d'une importance capitale pour le réseau principal de voies navigables (Lys et Escaut) et la connexion entre les différentes zones économiques flamandes d'importance, mais aussi entre le Nord de la France et la Wallonie. Ces adaptations ou améliorations contribuent également à mettre en valeur les zones d'activité économique le long et à proximité du canal. Dans le tissu urbain, une attention particulière est accordée à l'intégration spatiale et paysagère de ces zones, à leur valeur expérientielle, à la qualité du développement urbain mais aussi au patrimoine (le patrimoine est préservé mais aussi valorisé). Cela s'applique également aux parties du canal situées en dehors du tissu urbain, où les espaces vierges sont plus présents et où les qualités écologiques, récréatives, économiques, historiques et culturelles sont tout aussi importantes. Actuellement, le projet est encore en cours de recherche, les effets globaux engendrés par cette amélioration sont examinés et différents scénarios sont envisagés. L'étude est réalisée de façon transversale : outre les différents éléments relatifs à la navigation (largeur de la voie d'eau, tirant d'eau, nouvelle écluse, tracé, etc.), les conséquences et opportunités liées au développement économique, à la nature, et aux loisirs, etc. sont également pris en compte avec attention.